Výběr z publikační činnosti:
Šajnerová A. (2001): Trasologická analýza štípané industrie z Dolních Věstonic IIa (Výzkum 1999). Památky archeologické XCII/1:158-164.

Horáček I.; Ložek V.; Svoboda J.; Šajnerová A. (2002): Přírodní prostředí a osídlení krasu v pozdním paleolitu a mezolitu In (Svoboda J. ed.) Prehistorické jeskyně, Dolnověstonické studie 7, ArÚ AVČR Brno, 313-344.

Šajnerová A. (2003): Use-wear analysis. In (Svoboda J., Bar-Yosef O., eds.) Stránská skála. Origins of Upper Palaeolithic in the Brno basin, Moravia, Czech Republic. American School of Prehistoric Research Bulletin 47, Dolnověstonické studie 10, Harvard University, 167-171.

Bartošíková Z., Šajnerová A., Svoboda J. (2003): Ethnological aproach to the site of Pavlov I (Czech Republic). Przeglad Archeologiczny 51:77-86.

Šajnerová A. (2004): Svědectví kamenných nástrojů — využití traseologie v archeologii. Živa 6/2004:245-248.

Šajnerová A. (2005): Use-wear analysis of the lithics. In (Svoboda J. ed.) Pavlov I Southeast. A Window into the Gravettien Lifestyles, Dolnověstonické studie 14, ArÚ AVČR Brno, 134-147.

Šajnerová A. (2006): Micro-wear analysis of chert industry from Raneferef’s sepulchral komplex (Apendix). In (Verner et al.) Abusir IX: The Pyramid Komplex of Raneferef, Academia, Praha.

Šajnerová-Dušková A. (2007): Tools of the Mammoth Hunters. The application of use-wear analysis on the Czech Upper Palaeolithic chipped industry. BAR Int. Ser. No.1645, Oxford.

Svoboda J.; Hajnalová M.; Novák M.; Horáček I.; Přichystal A.; Šajnerová A.; Yaroshevich A. (2007): Mesolithic Settlement and Activities in Rockshelters of the Kamenice River Canyon, Czech Republic. Eurasian Prehistory, 5 (1): 95–127.

J.A. Svoboda, M. Hajnalová, I. Horáček, M. Novák, A. Přichystal, A. Šajnerová (2007): Okrouhlík. Výzkum mezolitického sídelního areálu v soutěsce Kamenice v roce 2005. In: Minulosti Českého Švýcarska 4, 5-37.

Šajnerová-Dušková A.; Fridrich J.; Sýkorová I. (v tisku): Pitted and grinding stones from Middle Palaeolithic settlements in Bohemia: a functional study In: Sternke, F., L. J. Costa and L. Eigeland (eds). Non-flint Raw Material Use in Prehistory: Old Prejudices and New Directions. Proceedings of the XV. Congress of the U.I.S.P.P. Archaeopress, Oxford. BAR Int.